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El Museo de Historia Natural del Instituto de Sistemática y Evolución de los Animales de la Academia Polaca de Ciencias en Cracovia proviene de la Comisión Física de la Sociedad Científica de Cracovia, que fue establecida en 1865. Inicialmente, la colección se recogió en un edificio en Św Anna, y en 1870 fueron trasladados al edificio de la Academia de Habilidades en ul. Sławkowska 17. En 1992 el ISEZ PAN adquirió el edificio histórico del antiguo "Baño Romano" en ul. St. Sebastiana 9, exclusivamente para la nueva sede del Museo de Historia Natural.
En la colección del Museo hay una única, alrededor de 30 mil. El rinoceronte peludo encontrado en Starunia en los Cárpatos Orientales. El Museo también ofrece grandes colecciones de vertebrados, invertebrados, colecciones mineralógicas, paleontológicas y arqueológicas, que recogen más de 2 millones de ejemplares.
El Museo de Historia Natural cuenta con 11 salas de exposición y una sala de audiovisuales para la organización de conferencias científicas.
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