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Istituito nel 1860, il Museo di Zoologia è la sede attuale dal 1936. Sono conservati materiali provenienti dalle collezioni dei secoli XVI-XVIII (Aldrovandi, Cospi, Marsili) già appartenute al Museo di Storia Naturale dell'Istituto delle Scienze. Più recentemente acquisite (1815-1860) sono la collezione di vertebrati studiati da Ranzani e le collezioni mozambicane di vertebrati e invertebrati studiati da Bianconi, Bertoloni e altri. La prima metà di questo secolo sono la collezione di uccelli italiani Zaifagnini-Bertocchi, la collezione di coleotteri paleartica raccolta da collezioni di fiori e insetti delle isole dell'Egeo e della Libia raccolte da Chigi. Notevoli per numero di esemplari e interesse scientifico sono la collezione entomologica e la crescita malacologica. Voi, o come superficie estesa, come collezioni esposte e conservate, uno dei più importanti musei zoologici d'Italia. Il nucleo originario della collezione, costituito da collezioni di Aldrovandi, Cospi e Marsili, si è arricchito nell'Ottocento e nella prima metà del Novecento di nuove acquisizioni. Negli ultimi anni siamo stati notevolmente incrementati e le collezioni etnologiche e malacologiche, accessibili agli studiosi. Attualmente al piano terra sono esposte le collezioni ornitologiche, trofei africani e diorami. Al primo piano si trova la raccolta sistematica dei più importanti gruppi di animali e la collezione Altobello che comprende anfibi, rettili e mammiferi.
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