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Il Museo di Storia Naturale dell'Istituto di Sistematica ed Evoluzione degli Animali dell'Accademia Polacca delle Scienze di Cracovia proviene dalla Commissione Fisiografica della Società Scientifica di Cracovia, che è stata fondata nel 1865. Inizialmente, la collezione è stata raccolta in un edificio a Św. Anna, e nel 1870 furono trasferiti nell'edificio dell'Accademia delle Abilità di ul. Sławkowska 17. Nel 1992 ISEZ PAN ha acquistato l'edificio storico dell'ex "Bagno Romano" di ul. S. Sebastiana 9, in esclusiva per la nuova sede del Museo di Storia Naturale.
Nella collezione del Museo c'è un unico, circa 30 mila. Il rinoceronte peloso trovato a Starunia nei Carpazi orientali. Il Museo mette inoltre a disposizione ampie collezioni di vertebrati, invertebrati, collezioni mineralogiche, paleontologiche e archeologiche, che raccolgono oltre 2 milioni di esemplari.
Il Museo di Storia Naturale dispone di 11 sale espositive e di una sala audiovisiva per l'organizzazione di convegni scientifici.
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