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Le Musée d'Histoire Naturelle de l'Institut de Systématique et d'Évolution des Animaux de l'Académie Polonaise des Sciences de Cracovie provient de la Commission Physiographique de la Société Scientifique de Cracovie, qui a été fondée en 1865. Initialement, la collection a été collectée dans un bâtiment sur Św. Anna, et en 1870, ils ont été transférés dans le bâtiment de l'Académie des compétences à ul. Sławkowska 17. En 1992, ISEZ PAN a acheté le bâtiment historique de l'ancien "Bain Romain" à ul. Sebastiana 9, exclusivement pour le nouveau siège du Musée d'Histoire Naturelle.
Dans la collection du Musée il ya un unique, environ 30 mille. Le rhinocéros poilu trouvé à Starunia dans les Carpates orientales. Le Musée possède également d'importantes collections de vertébrés, d'invertébrés, de minéralogie, de paléontologie et d'archéologie, qui rassemblent plus de 2 millions de spécimens.
Le Muséum d'histoire naturelle dispose de 11 salles d'exposition et d'une salle audiovisuelle pour l'organisation de conférences scientifiques.
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